Medicamentalia: un listado no es una investigación

Introducción


Hace unos días en los chats de WhatsApp con médicos circuló una noticia de la maravillosa iniciativa Medicamentalia de Civio. Resumiendo mucho, que para eso están los enlaces, se trata de una “investigación” (todos los entrecomillados tendrán un matiz) en la que se describen las “transferencias de valor” (este vocablo será importante más adelante) que “la industria farmacéutica” realizó a un grupo de 18 médicos y que superan, supongo que porque en algún sitio había que cortar, los €50000.

Empezaremos con unos disclosures. Yo recibo transferencias de valor de la industria. No llegan a los €50000 ni de lejos pero mi nombre sale en los listados publicados por las compañías farmacéuticas. Mi relación con la industria me supone un cierto conflicto interno pero he llegado a la pesimista conclusión de que lo que hago y lo que soy me impiden estar al margen completamente. Seguramente se podría, pero yo no he podido. Me he autoimpuesto, sin embargo, el criterio de no hagas nada ni recibas nada que no puedas explicarles a tus pacientes. Por otro lado, soy simpatizante y defensor a ultranza de la transparencia y de la mayoría de los proyectos de Civio, Medicamentalia incluida. En este blog se pueden leer algunas cosas al respecto de la industria que no vienen al caso pero que me han traído problemas con la misma industria. El disclosure final es que no conozco personalmente a ninguno de los profesionales listados y, en realidad, no sé cómo de bien usan sus fondos. Lo que criticaré será la metodología y las conclusiones de la investigación, no el fondo de ella, con el que estoy esencialmente de acuerdo. En este caso y con el único objetivo de hacer más eficiente, más útil y más justa la iniciativa me veo en la obligación de escribir al respecto algunas consideraciones que, en mi sesgada opinión, deben hacerse.  Todo el post irá de matizaciones. Es probable que reciba críticas. Las que se dirijan a los argumentos serán bienvenidas. El resto (ad-hominem y demás, serán bloqueadas).

Las transferencias de valor


Empezaremos por explicar qué quiere decir “transferencias de valor”. Transferencias de valor no son (sólo) cobros. Cualquier pago para acudir a un congreso, proyecto de investigación, honorarios de consultor, viajes, patrocinio de jornadas, etc, es una “transferencia de valor”. Es decir, alguien puede recibir 2 millones de euros en transferencias de valor y no ser ni un euro más rico. Por otro lado, las transferencias de valor, con frecuencia, constan al investigador principal (jefes de servicio, jefes de unidad, catedráticos…) aunque el destinatario final de algunos de esos fondos sean otras personas. Es quien firma los contratos, quien hace las colaboraciones, el que consta como receptor de las transferencias, aunque los fondos sirvan finalmente para pagar a un becario o una máquina de investigación. Es decir, parte de esos fondos declarados por las compañías pueden no haber beneficiado en nada al profesional investigado. En la propia noticia se desglosan las transferencias de valor de las compañías investigadas, siendo el dinero destinado a «Servicios» un tercio del total (los otros dos tercios son inscripciones y viajes). Ni siquiera dentro de «Servicios» todo lo que hay son honorarios. En cualquier caso, es de justicia decir que de los 18 profesionales (uno de ellos es biólogo) investigados, de 1,6 millones de euros, 1 millón pertenece a honorarios.

No están todos los que son

El segundo matiz se explica con una apreciación intuitiva para cualquier médico. En el listado de médicos de la investigación hay especialistas de diversas subespecialidades pero prácticamente nadie del gremio identificaría esas especialidades entre las que más transferencias de valor reciben o entre las que tienen en sus filas a los profesionales más acaudalados. Falta todo un grupo de profesionales que prescriben productos carísimos y que, sin embargo, no están en el listado: los cirujanos (de todo tipo) y médicos intervencionistas (cómo por ejemplo los cardiólogos) cuyos dispositivos (prótesis, material protésico, tecnología de quirófano, marcapasos, prótesis valvulares, etc) son con frecuencia mucho más caras que los medicamentos que los profesionales investigados prescriben. Es decir, el listado no incluye, en absoluto, todas las transferencias de valor, sino sólo aquellas de las compañías que se adhieren a los códigos de FarmaIndustria (145 conglomerados farmacéuticos). No todas las compañías están y, particularmente, no estás las de dispositivos. Es decir, no es “la industria farmacéutica” la que se investiga, sino sólo aquella que declara sus transferencias de valor. La propia noticia menciona:

El código que regula esta publicación es un ejercicio de autorregulación de la industria y no una norma emanada desde las administraciones públicas.

Otro matiz que viene de otra intuición: en el listado no están los grandes receptores de transferencias de valor. Así como alguno de esos 18 especialistas puede ser un KOL («key opinion leader”) en su campo faltan muchos KOL de esos mismos campos y faltan muchas especialidades. Por tanto, Baselga no es la punta del iceberg de estos 18. Estos 18 son la punta de la punta de la calderilla de los restos de un iceberg muchísimo mayor que son todas las transferencias de valor realizadas por la industria. E insisto en que no debemos confundir transferencias de valor con honorarios. Las transferencias de valor son multimillonarias, los honorarios no tanto. Por tanto, cuando se pone al mismo nivel a Baselga, portada del NYTimes, que recibió 3 millones de euros en cobros o en compra de su compañía, y a estos otros profesionales, se comete un grave error de concepto. Transferencias de valor no son honorarios aunque los honorarios estén entre las transferencias de valor y Baselga está en portada del NYTimes no por recibir 3 millones euros (que en EEUU, no se consideraría ni siquiera mucho dinero para el nivel del personaje), sino por no declararlos y por asociarlos a un mensaje positivo, claramente sesgado, sobre un fármaco que es aparentemente inútil (o poco útil). No es eso lo que se hace con estos 18.

No está todo lo que es

El siguiente matiz también emerge de una intuición… Las cantidades son calderilla. Entiendo que, para el salario medio, €50000 en un año es mucho (ni que decir €150000) pero hemos de dejar la hipocresía por un momento. En este mundo sanitario, particularmente en el ultraespecializado, los profesionales hacen cosas para las compañías farmacéuticas porque les pagan a ellos o porque le pagan a sus servicios para conseguir otras cosas. No digo que esto tenga que ser así, sino que es así y, ojo, es perfectamente legal (también iremos a esto más adelante). €150000 es mucho dinero para un profesional, pero ese mismo dinero es relativamente poco si la transferencia de valor es para pagar según qué investigaciones o personal (eso, que las empresas farmacéuticas compren equipamiento o financien personal, nos guste más o menos, es frecuente en el mundo sanitario en la forma de «donaciones»). Además, bajo el epígrafe I+D de las transferencias de valor hay otros 251 millones de euros que también, en cierta parte, van a parar a profesionales sanitarios.

La «investigación»

Y vamos a la crítica. La “investigación” pone el foco en 18 personas que, cómo hemos dicho antes, es altamente probable que no sean las 18 personas que más transferencias de valor reciben ni de lejos. Por otro lado, los datos no son nuevos (hace tiempo que los listados son públicos). Sin embargo, esos 18, recibirán toda la ira hipócrita de sus compañeros y de los medios. Eso quiere decir que el año que viene, muy probablemente, no saldrán en los listados (como el resto del iceberg). Harán lo que hacen otros muchos profesionales que no están en esos listados. Sus transferencias de valor constarán a nombre de sus fundaciones de investigación (y de las fundaciones irán a sus bolsillos o a los destinatarios finales de los fondos sin que nadie lo consiga capturar en los listados declarados), irán a parar a sociedades mercantiles en lugar de a la persona en concreto o irán a parar a alguna cuenta de algún país de fiscalidad menos clara. Para darse cuenta de que eso es así, de que no todo lo que se produce está en esos listados, sólo hay que ir a mirar las transferencias de valor que constan para el Dr Baselga en la web gubernamental estadounidense homóloga a la que Civio ha puesto en marcha. No está todo lo que el NYTimes encontró en esas declaraciones de transparencia (de hecho está declarado sólo un 3% de lo que una sóla compaía le transfirió a juzgar por el NYTimes). Por tanto, a esta investigación, también le falta algo si sólo se fija en este tipo de documentos de autoregulación.

Aquí es donde tenemos que preguntarnos cual es el objetivo de la “transparencia”. El objetivo de la transparencia en las transferencias de valor no es poner a los profesionales en el disparadero sólo por las transferencias que reciben. En todo caso el objetivo es ver si existe alguna relación entre las transferencias que reciben y las contrapartidas que retornan a la industria farmacéutica. Si la contrapartida es dar charlas por el mundo sobre un nuevo mecanismo de acción de un fármaco novedoso, cuando el profesional ha sido pieza fundamental en la investigación sobre ese fármaco novedoso, pues la contrapartida es adecuada a la transferencia de valor. Si esa transferencia es alta, nos puede gustar más o menos, pero se está pagando una contribución relevante para una industria. Se está pagando una “expertise”. Y esas transferencias pueden ser irrelevantes para el Sistema Sanitario. En ese sentido es bueno el ejemplo del único biólogo que se encuentra dentro del listado. Si es biólogo no puede prescribir, por lo que es más que probable que lo que se esté pagando es su «expertise». Con el biólogo es obvia la conclusión, pero con los otros puede estar pasando algo parecido y, ahí están, en el disparadero.

En cambio, si la contrapartida es que ese médico particular recete más fármacos de esa compañía en concreto, entonces la contrapartida pasa a ser un soborno. Esos datos no los aporta la investigación de Civio. No sabemos si la prescripción de esos médicos ha subido o no en los fármacos de esas compañías. En cambio, si la transferencia de valor se hace porque ese médico ha sido investigador global de un ensayo clínico que ha desembocado en un fármaco que mejora sustancialmente el pronóstico de una enfermedad, la contribución será más que bienvenida por el sistema o, en este caso, por la sociedad. Desligar los pagos a la contrapartida aportada y, sin dar esos datos, poner en el foco a los profesionales, es francamente injusto (así lo dice el Dr Meseguer, coincidimos). Si la transparencia sirve para dar datos de transferencias descontextualizados pasa de ser transparencia a ser chismorreo salarial. Peligroso para la transparencia misma y peligroso para la relación de esos profesionales con sus pacientes.

Otra crítica para mí clara, pero con la intención de que el siguiente informe de Medicamentalia sea más eficaz, es que se ha quedado en lo obvio. En sí, la “investigación” no es tal. En un mundo verdaderamente transparente la investigación no consistiría en ir buscando uno por uno todos los pagos en un PDF horrible. Esa investigación habría durado 3 minutos de tener un Excel. Se ordena por cantidad recibida en la columna del total de las transferencias y se hace un ranking con un solo clic. Así es en la web de EEUU, puedes bajarte el dataset completo en formato CSV. Como eso no existe, sino que se dan los datos en un PDF de 1500 páginas (por poner el ejemplo de Novartis, multiplicad por 145 compañias), pues hay que hacer un trabajazo brutal (que es diferente a «una investigación») para poner un poco de orden y concierto. Se ofrece un trabajo de “investigación” que, en realidad, es simple recopilación meticulosa de datos desorganizados pero que tiene poco de investigación real (indagación en lo oculto, en lo no transparente). Una investigación sería ser capaz de ver dónde están todos esos profesionales que todos los que hemos visto el listado intuimos que no están o todo ese dinero que intuimos que falta (cómo hemos señalado antes en el caso NYTimes y Baselga). Cómo, con qué fórmulas, en qué cuentas y de qué países se han realizado los pagos de las compañías que no participan de los códigos de FarmaIndustria. Otra verdadera investigación se dedicaría, cómo hemos dicho antes, a hacer correlaciones con las prescripciones de esos profesionales o de sus servicios en función de las compañías que les pagan. Si no hay contrapartida beneficiosa para la empresa y, muy importante, dolosa para el sistema de salud, no hay soborno, sino simplemente pago por trabajo realizado y útil para la empresa (y, a lo mejor, también para el sistema). Con esto lo que quiero decir es que el ejercicio de transparencia ha de ser mucho mayor y poner en el disparadero cuando verdaderamente hay soborno, no cuando hay un pago (sea por el motivo que sea). Si asumimos que la única moral de una democracia es la ley, si el pago es legal, transparente y no se asocia a una contrapartida dolosa para el sistema, no veo motivo de crítica. Señalar sin aportar la mitad de la información (cuál fue la contrapartida) es altamente peligroso para el propio cometido de la transparencia misma.

Los conflictos de interés

La penúltima crítica se centra en el aspecto de los disclosures. Yo estoy de acuerdo en que los conflictos de interés se han de reportar todos. Eso es indiscutible. En lo que no estoy de acuerdo es en que se asuma que no se han reportado esos conflictos porque no aparezcan reseñados en una publicación (como se infiere del artículo al respecto). En los formularios de reportado de conflictos se pone todo, lo relevante para la investigación y lo que no, pero generalmente las revistas no publican aquellos que no son relevantes para la investigación. Eso no quiere decir que no hayan sido reportados, sino que no se ven y constan en los archivos internos de la publicación. Por ejemplo, si yo recibo transferencias de valor de un fármaco para la el Alzheimer y mis publicaciones van sobre la conformación cristalográfica de la proteína beta amiloide, es altamente probable que mi conflicto de interés no se publique aunque yo lo haya reportado. No estoy hablando del caso concreto reseñado (el del Dr Kuprinsky), que no sé los detalles. Pero que Ferrer tenga un estudio genético en ictus y Krupinsky también, si los pagos fueron realizados por el fármaco, por decir algo, citicolina (que es un neuroprotector para el ictus), es buscar una relación un poco «far fetched». No se puede en una investigación ligar las cosas a golpe de enlace si no se está seguro de que los pagos realizados por parte de Ferrer no están vinculados directamente a la publicación en los que dichos pagos no se reportan y, además, no se puede asumir que no se han reportado si no se solicitar el formulario de disclosures. El formulario de disclosures del ICMJE incluye todo, pero no todo se publica por parte de las editoriales, así que no vale aducir que es que no sale en Pubmed sólo si no se han solicitado esos formularios. Esta crítica enlaza con la última.

Periodistas y conflictos de interés

Mi última crítica (constructiva) al proyecto de Medicamentalia no se relaciona con este último trabajo. Una de las cosas que más tiempo me ocupan en la consulta de una enfermedad tratable pero relativamente devastadora son los desmentidos. Desmentidos de “noticias” en las cuáles se mencionan fármacos, investigaciones y curaciones. Noticias que aparecen en los medios de masas (sean impresas, radiofónicas, televisivas o cibernéticas). Noticias que con sospechosa frecuencia coinciden con los lanzamientos de fármacos (los datos son de 2010, la noticia de Junio de  2018, adivinad qué fármaco se lanzó en Junio de 2018, por poner un ejemplo de muchísimos). Hemos visto en Medicamentalia las transferencias de valor a hospitales publicos, a Asociaciones de pacientes, a médicos, a sociedades científicas… No hemos visto las transferencias a periodistas y medios de comunicación. Y se producen, vaya si se producen. Desde premios a publireportajes (incluidos como noticias, no cómo lo que probablemente son: “advertorials”). Estas transferencias de valor no aparecen en listados. No hay disclosures al final de la noticia. Y, sinceramente, considerando que está prohibida la publicidad directa de fármacos que requieran de prescripción facultativa (más prohibida que cobrar por hacer una charla) no entiendo por qué no es obligatorio reportar las transferencias de valor a los periodistas y sus medios. Aún así, no siendo obligatorio reportar los disclosures, es una bonita investigación para el siguiente reportaje y una bonita causa en pro de la transparencia. Y ahí sabremos de quien ha recibido dinero cada medio o periodista y cómo ha enfocado la noticia. Es decir, tendremos lo que no tenemos en el caso de la investigación a los 18 médicos: un pago y una contrapartida a ese pago.

Conclusiones

Por tanto, la iniciativa Medicamentalia es muy necesaria, muy relevante y potencialmente muy útil pero creo que en este caso, puede llegar a ser muy injusta. Ni esos 18 son los que más, ni los únicos, ni siquiera necesarimente han hecho nada reprobable (o eso no se deduce, para nada, de la investigación) y, por tanto, tenemos que tener cuidado si queremos que la transparencia sea efectiva: cobrar por un trabajo a una farmacéutica no es delito, delito sería, en todo caso, el soborno. Si no se investigan las contrapartidas, a qué se vinculan los pagos, el ejercicio no es de transparencia sino de chismorreo salarial.  Los listados autoimpuestos de FarmaIndustria no puede servir para señalar las migajas y obviar el grueso del problema que no está en esos listados. Finalmente, la transparencia ha de ser total, incluyendo formatos electrónicos que faciliten la tarea para que un perodista se dedique al meollo y no a hacer un excel de datos metidos en un PDF. Y ha de ser total para incluir también las transferencias de valor a aquellos implicados en generar información y opinión y aquellos dedicados a influir politicamente o legislar. El médico prescribe, pero hay gente que genera esperanza a pacientes, que los moviliza, y otra gente que es la que negocia los precios y las aprobaciones. Y de esos no sabemos nada. Para la próxima.

Y para que no queden dudas. Firmado:

Luis Querol – Neurólogo

Compartir datos, ¿quién tiene miedo?

a new class of research person will emerge — people who had nothing to do with the design and execution of the study but use another group’s data for their own ends, possibly stealing from the research productivity planned by the data gatherers, or even use the data to try to disprove what the original investigators had posited. There is concern among some front-line researchers that the system will be taken over by what some researchers have characterized as “research parasites.”

Vergonzoso editorial de New England Journal of Medicine de esta semana

Vamos a dejar de lado el hecho de que el editorialista realiza este tipo de comentarios (y otros similares) aludiendo a parásitos precisamente para sacar pecho de que han publicado un artículo en el que un grupo uso datos de otro para sacar petróleo de un ensayo clínico cuando el grupo original ni tenía la idea ni jamás la hubiera llevado a cabo. El editorialista en cuestión olvida varias cosas al respecto de la Ciencia. La primera es que en ciencia todo lo que se hace está basado en algo que ya se ha hecho previamente. Aquello de caminar a hombros de gigantes. Y si eso puede suceder es, precisamente, porque no hay avance científico que pueda considerarse tal si no se divulga, si no se comparte. Como bien dice Michael Eisen:

 

Pero hay otro problema serio con el editorial. Ya sabemos respecto a los ensayos clínicos que se publican sólo si interesa, se recogen muchos datos pero se seleccionan para publicación los datos que quedan bien en un artículo y todo eso se hace a discreción sin posibilidad de escrutinio por parte de los colegas porque los datos son privados.

El escrutinio por parte de pares es una parte fundamental en la ciencia (y mejor escrutinio cuando los datos crudos están disponibles, que la reproducibilidad de los estudios científicos y, con ella, el prestigio de toda la ciencia, está en tremenda crisis), el reconocimiento a los que generan los datos por parte de los científicos que usen dichosd datos se producirá en forma de citas o coautorías y, finalmente, si uno está convencido de lo que dice ¿por qué tener miedo a que los datos pueda auditarlos y corroborarlos alguien externo?¿No dará ello solidez al estudio original?.

El vergonzoso editorial del NEJM, muy del mundo antiguo de gatekeepers y generación de escasez que no acaba de morir, implica dos cosas: o el editorialista nunca ha usado datos de otros o repositorios (secuencias, proteinas, arrays expresión…) llenos de datos de otros (y por tanto no ha hecho ciencia) o la medicina no es una ciencia (ojalá la Medicina fuera Física) o los ensayos clínicos que el NEJM publica no pretenden aclarar una pregunta cientifica sino otra cosa diferente. Esperemos que simplemente sea la primera respuesta.

Ganar la batalla por CRISPR y la guerra contra las patentes

A estas alturas es probable que no quede nadie que no sepa en qué consiste el sistema CRISPR-Cas9. Para aquellos que todavía no lo saben es, básicamente, un sistema de corta-pega en biología molecular, extraordinariamente eficaz y sencillo de utilizar que ha simplificado de forma impensable la generación de lineas celulares, animales de laboratorio y, ojo, genomas, modificados genéticamente. Es un sistema que aprovecha una particularidad de las defensas de las bacterias para modificar dianas genéticas muy específicas y que se conoce desde hace un par de décadas aunque su utilidad en la modificación de genomas y sus implicaciones terapéuticas y de investigación aplicada no fueron descritas hasta hace bien poco.

En cualquier caso, su descripción como técnica aplicable a la ingeniería genética y a la terapéutica, fué, desde el principio, entendida como una auténtica revolución. Tan es así que el número de artículos publicados, kits comerciales disponbles, ensayos terapéuticos planeados y proyectos de investigación que incluyen esta tecnología se ha disparado exponencialmente.

CRISPR

 

Como técnica potencialmente muy lucrativa, los abogados de propiedad intelectual no se dejaron esperar. Hasta esta semana todo el mundo tenía bien claro quienes eran l@s principales responsables de la generalización de la técnica y de su popularización, las Dras Charpentier y Doudna que, de hecho, recibieron justamente este año el Premio Princesa de Asturias por su contribución. Pero no es sólo ésta fundación filantrópica quien reconoce este hecho. Eran tambien los editoriales de las revistas de referencia en Biotecnología. Sin embargo, últimamente aparecen otros actores en la ecuación, reclamando, no un lugar en la historia, sino los derechos de explotación. Y ahí es dónde se ve el pastel. No es una cuestión de reconocimiento, es una cuestión de dinero. Aunque la batalla lleva un tiempo en marcha, en esta semana se ha manifestado con toda su crudeza lo que está en juego. Para bien y para mal. Hay varias revisiones sobre el tema en cuestión para quien quiera profundizar, pero iremos directamente al grano con un tema con el que en este blog ya estamos familiarizados: las patentes como sistema y con ellas los incetivos perversos que generan y las batallas que alimentan no sólo no son beneficiosas para la innovación sino que son un freno a ésta. Hemos hablado varias veces sobre el tema, pero el caso de CRISPR, en tiempo real, es un caso paradigmático. No es el único, los intentos de patentar el genoma humano o el diagnóstico molecular en enfermedades con gran impacto social, son otros, pero en esta batalla se ve todo el problema en poco tiempo.

La polémica de los últimos días comienza con un artículo tendencioso en la revista Cell, pero lo que el artículo en cuestión revela, cuando se lee entre líneas, es una batalla tremenda por el control de la técnica más lucrativa descubierta en décadas y las luchas de poder por capitalizarla, explotarla en exclusiva y controlarla. Es decir, el artículo únicamente es un arma más en la batalla por el control de las rentas derivadas de la tecnología en cuestión. Y quedémonos con lo de las rentas.

El artículo, en apariencia inocente fue contestado, inmediatamente, por las autoras en la plataforma Pubmed Commons (algo de lo que deberíamos hablar algún día, que nadie usa y que, en este caso, demuestra una de sus múltiples utilidades). Otros investigadores prestigiosos, como Michael Eisen (gran investigador y activista por la ciencia abierta), han entrado al trapo y esto se ha seguido de un eco masivo en la mayoría de blogs y revistas especializadas. Pero el artículo que desata toda la polémica es también el talón de Aquiles de lo que con él se pretende (decantar la balanza en la batalla de CRISPR). El talón de Aquiles es uno del que ya hemos hablado otras veces: la privatización del esfuerzo común. Queda claro leyendo el artículo que para llegar a la situación a la que hemos llegados en estos días de enfrentamiento abierto y en público, hizo falta que, mucho antes, otros investigadores, instituciones, agencias financiadoras y empresas, realizaran un trabajo básico imprescindible para que hoy alguien, sea quien sea, pueda llegar a patentar la técnica de CRISPR. Eso incluye a los japonenes que vieron por primera vez las secuencias CRISPR, al investigador español que desde la humilde Universidad de Alicante describió con detalle las secuencias en diversas especies y propuso posibles implicaciones y usos, a quienes descubrieron el verdadero papel de la técnica y a los que hoy se tiran de los pelos. Es decir, la patente que hoy está en disputa se construye en un cuerpo de conocimiento sin el cual sería imposible la patente. Y mediante la privatización del uso aplicado de la técnica, no sólo se privatiza la técnica, sino todo el conocimiento anterior, financiado, en exclusiva, por entidades públicas. La implicación de los 12 héroes de CRISPR no la digo yo, lo dice alguien que es parte interesada en la batalla. Pero él menciona 12 y seguramente hay varias decenas o centenas de personas que han contribuido a que esta técnica sea lo que es.

Pero no sólo eso. Resulta que esta polémica también nos enseña el otro lado perverso de las patentes, la paralización de la investigación que implique a la tecnología patentada. Al parecer las compañías farmacéuticas que comenzaban a proponerse terapias utilizando la técnica, las compañías de productos de laboratorio que la comercializaban, los laboratorios que pretendían utilizarla como técnica de referencia en la manipulación genética, las compañías que las pretendían usar para modificar genéticamente cultivos…Todos ellos paralizan o ralentizan estas investigaciones ante la posibilidad que, de repente, les exijan royalties de cuantía imprecisa por ello. Es decir, ¿favorecen las patentes la innovación? No, al contrario, toda la innovación que ya se estaba produciendo (volver al gráfico de publicaciones con CRISPR como ejemplo) gracias a la libre disponibilidad de la técnica, se verá, si no detenida completamente, ralentizada y entorpecida por el hecho de que alguien pretenda controlarla en exclusiva.

Las patentes no van sobre innovación, van sobre rentas. Y la mayor parte de las veces implican a una serie de instituciones o empresas que, además de prestigiosas por lo que hacen, tienen la capacidad y la infraestructura de meterse en batallas legales que cuestan mucho esfuerzo y mucho dinero. Lo hemos dicho muchas veces, las patentes, como herramienta de generación de escasez, no premian la innovación sino la posición hegemónica en un determinado mercado en el control de dicha escasez. Esto es válido para las farmacéuticas y para las tecnológicas. A la Universidad de Alicante, aunque hubiera llegado a una aplicación concreta de CRISPR, no se le habria ocurrido jamás patentar la técnica que su humilde investigador tenía en ciernes. Alguien podrá argumentar que, en realidad, desde un punto de vista económico, esto premia al innovador y le incentiva a seguir investigando. Yo veo (y creo que queda meridiano en esta disputa) que el investigador ya no investigará más. Vivirá de las rentas (expresión muy española) y usará todo su tiempo y esfuerzo en el litigio por ganar el control de la patente. Nada de innovar. ¿Quiere decir eso que el investigador prmanecerá pobre toda la vida? No lo creo. Que una tecnología como ésta no esté patentada no implica que no se pueda ganar dinero con ella como, de hecho, ya sucede de forma generalizada en todos los que venden productos CRISPR y cómo, probablemente, los investigadores responsables devenidos conferenciantes, consultores y socios de empresas con litigos de patentes, estarán comprobando en sus bolsillos. Lo que no le permitirá es generar unas rentas masivas totalmente desproporcionadas a su aportación a la sociedad y que únicamente son posibles cuando privatizas un esfuerzo que no es personal, sino comunitario. Cuando pones la guinda a un pastel que lleva décadas cociéndose.

Pero precisamente porque esto está sucediendo a la vista de todos, porque es obvio que la innovación ya se estaba produciendo, porque ya hay miles de investigadores usando la técnica cuyas perspectivas y propósitos pueden verse alterados y porque los propios interesados han cometido algún error, esta batalla puede ser la de hacer calar, de cara a la opinión pública y, específicamente en el mundo científico, el mensaje de que las patentes no sólo no deberían ser un objetivo científico, sino que son un elemento a eliminar. Como todas las rentas, sean oligopolios energéticos, farmacéuticas o biotecnológicas, la generación artificial de escasez sólo hace que incrementar costes (las rentas cuestan dinero), desincentivar la innovación en algo que no posees y no poseerás en los siguientes 20 años y condenar a aquellos pequeños con buenas ideas al respecto a la resignación.

Por tanto, patentar CRISPR es inmoral porque privatiza un esfuerzo comunitario y utiliza un recurso comunal generado por gente diversa para beneficio de muy poquita gente, es inmoral porque ralentiza la innovación que de la tecnología pueda derivarse (incluidas sus implicaciones en el tratamiento de enfermedades raras) y es inmoral porque las rentas económicas que podrían generar empleos, aparición de nuevas empresas, de nuevos tratamientos, de nuevas aplicaciones, de nuevas oportunidades de investigación, se las va a quedar una sola compañia o institución gracias a un sistema absolutamente perverso.

Pero como he dicho antes. El talón de Aquiles de la disputa ya ha sido expuesto. Sólo queda que cómo científicos o interesados en la ciencia y sus implicaciones tengamos, en la batalla de CRISPR, la forma de ganar de cara a la opinión pública y, a la postre, de los legisladores, la guerra de las patentes de una vez por todas.

La privatización del esfuerzo común

Hace un par de semanas discutía con algunos compañeros el tremendo salto adelante que los nuevos fármacos contra la hepatitis C supondrán en un plazo breve para su control. Estamos hablando de fármacos que determinan una respuesta sostenida en hasta el 98% de los pacientes que los toman, sin grandes efectos secundarios (al menos, así sucede en los ensayos clínicos). Pero esto no es sólo en la hepatitis C. Ya en su momento sucedió con el HIV y, con la llegada de las terapias específicas (anticuerpos monoclonales, inhibidores enzimáticos selectivos, proteínas recombinantes…), estos resultados disruptivos se extienden más allá de las enfermedades infecciosas. Sin embargo, está sucediendo una brutal paradoja. Cuando lo que uno esperaría es que los gobiernos quisieran aprobar, financiar y administrar a sus pacientes estos tratamientos cuanto antes, sucede todo lo contrario. Uno puede pensar que estos fármacos requieren de evaluaciones minuciosas y detalladas para evitar males mayores post-comercialización, y es cierto. Pero eso no explica que las enormes diferencias entre países en tiempos hasta la comercialización del fármaco. No he encontrado ningún estudio al respecto pero la experiencia personal en mi especialidad y los comentarios de otros compañeros me sugieren que los retrasos en la comercialización de algunos fármacos tienen mucho que ver con la incapacidad de los gobiernos de financiarlos. Porque si sus eficacias pueden ser francamente buenas, sus precios están fuera de toda proporción. Pondremos algunos ejemplos ilustrativos, que la gente oye hablar de «altos precios» pero vale la pena ponerle números:

– La enfermedad de Pompe, enfermedad mortal sin tratamiento, se trata actualmente con un enzima (alfa-glucosidasa) recombinante. Cuesta de media €300.000 anuales (digo de media porque se pauta por peso) .

– El tratamiento de la hemoglobinuria paroxística nocturna, enfermedad muy grave de niños y en la que el tratamiento ha cambiado dramáticamente su pronóstico, cuesta €350.000 al año

Alguien puede decir que esto son ejemplos anecdóticos, pero en realidad es la norma en todos los tratamientos nuevos. Alguien puede decir que esto son enfermedades muy raras, y es cierto. Pero veamos lo que sucede con una enfermedad 2 órdenes logarítmicos más frecuente

– El tratamiento con fingolimod o natalizumab para la esclerosis múltiple cuesta €25000 al año. Sólo en mi pequeña unidad (en mi ciudad hay otras 6 unidades de cierta entidad, alguna de ellas 5 veces más grande) llevamos 300 pacientes con esta enfermedad.

Y ahora llega lo mejor… esos espectaculares fármacos contra la hepatitis C que motivan la conversación que lleva a este post cuestan alrededor de los €60.000 euros por curso de tratamiento (12 semanas) o, cómo la llaman en EEUU, la pastilla de los mil dólares (imaginaos si se os cae una al suelo y se mete debajo de la nevera, qué dilema).

La hepatitis C infecta aproximadamente al 3% de la población mundial

Sacad la calculadora y echad cuentas. Los políticos ya la han sacado hace tiempo.

Es decir, el retraso en la comercialización de los nuevos fármacos de todo tipo no tiene que ver con sus ventajas o inconvenientes. Últimamente tiene que ver casi exclusivamente con su precio. Si no acaban de llegar al mercado no es porque se los estén mirando con cariño. Es porque las entidades financiadoras están ganando tiempo. Eso no sólo pasa allí dónde quien financia es el Estado, como en Europa. También pasa en EEUU en aquellos lugares en dónde es también el Estado el financiador, como las cárceles. Convengamos que llegará un día en que el sistema sanitario sí que será insostenible. No por los sueldos, no por los servicios, no por las infraestructuras…. sólo y exclusivamente por el precio de los fármacos.

Podríamos pensar que si una compañía pone un precio tan elevado es porque lo merece por haber innovado tanto y tan bien y de ahí que pueda disfrutar una merecida patente. Y, ahora sí, vamos a entrar en el tema que este post realmente quería tocar:

Eso es FALSO. Las patentes no protegen al más innovador. Las patentes son un monopolio que beneficia el que está mejor posicionado en el mercado, el que puede asumir el coste de patentar (que no es barato), el que tiene la infraestructura legal suficiente para retar, litigar y presionar, el que puede permitirse pagar cantidades enormes de una vez para comprar sus patentes al verdadero innovador o incluso para comprar compañías enteras sólo por su cartera de patentes. Ya lo hemos dicho en otras ocasiones, la patente no premia la innovación (no sólo no la premia, sino que la entorpece) y la innovación no necesita de patentes. Repitan conmigo: LAS PATENTES NO PREMIAN LA INNOVACIÓN Y LA INNOVACIÓN SE PRODUCE SIN NECESIDAD DE PATENTES. Las patentes son un artificio legal que garantiza unas rentas de posición que nada tienen que ver con la innovación. La extrema riqueza de las compañías farmacéuticas (pero esto es extensible a las tecnológicas, a las agroalimentarias, a las energéticas, etc, etc) se debe exclusivamente a que añadiendo una cantidad marginal, pequeña, de conocimiento a una cantidad brutalmente mayor de conocimiento disponible libremente, consiguen apropiarse económicamente no sólo del conocimiento por ellos añadido sino del añadido por todos los que han venido antes. Como decíamos en otros sitios, el capitalismo de las farmacéuticas se sustenta en el «comunismo de los científicos». Volvamos a dos de los ejemplos:

– ¿Son las farmacéuticas las que han descrito los síntomas, signos, hallazgos analíticos y anatomopatológicos o el pronóstico de la enfermedad de Pompe que describen en sus ensayos clínicos? NO ¿Son ellas las que han desarrollado las escalas para evaluar su gravedad que usan en sus ensayos clínicos? NO ¿Son ellas las que han descubierto que es una gluccogenosis? NO ¿Son ellas las que han descrito que se debe a mutaciones en la alfa-glucosidasa? NO ¿Son ellas las que han hecho la proteina recombinante por primera vez? NO…. ¿Qué han hecho ellas? Recopilar toda esa información, pulir un poco la molécula, envasarla y usar su posición en el mercado para distribuirla.

– ¿Han descrito las farmacéuticas las hepatitis? NO ¿los virus? NO ¿Fueron ellas las que, cuando esa hepatitis se llamaba no-A no-B, descubrieron el nuevo virus que, más tarde, se llamó «C»? NO ¿Describieron ellas los marcadores serológicos para detectarla en sangre? NO ¿Descubrieron ellas sus diversos genotipos? NO ¿Son ellos los descubridores de las polimerasas? NO ¿Secuenciaron ellas el genoma del virus de la hepatitis C? NO ¿Descubrieron ellas el papel clave de la proteina NS5A para su supervivencia? NO ¿Fueron ellas las que descubrieron los inhibidores de ese NS5A? NO…. ¿Qué han hecho ellas? Recopilar toda esa información, pulir un poco la molécula, envasarla y usar su posición en el mercado para distribuirla.

Y así hasta para cuántos ejemplos queráis. Toda, absolutamente toda la «innovación» aportada por las compañías farmacéuticas es, simplemente, la adición muy pequeña de conocimiento sobre el total de conocimiento necesario para llegar a ese hallazgo. Y eso, es así para las farmacéuticas, pero, como decía antes para todas las empresas «innovadoras» de otro tipo. Incluso las que más innovación ofrecen con menor coste, las de software, en gran parte están construido sobre cimientos que eran comunes, libres, accesibles para todo el mundo.

Uno de los objetos más bellos e innovadores según el mainstream, el iPhone, es en realidad un compendio de cosas creadas por otros, pulidas, bien envasadas y distribuidas. Podrían replicarnos que esas cosas estaban ahí antes pero sólo Apple supo darles ese plus que le hace innovador. Eso, primero, no es cierto, ya que muchos otros cacharros hacían cosas muy parecidas al iPhone, que sólo es una evolución (tecno)lógica más. Pero segundo, para ver clara la magnitud del engaño: ¿Acaso Apple inventó internet?¿El WIFI?¿el bluetooth?¿los acelerómetros?….¿Acaso Apple puso en órbita el sistema de satélites GPS?¿Fue Apple la que inventó el HTML o los navegadores web?¿Inventó Apple las cámaras de fotos, el teclado qwerty o los manos libres? NO. Démosle la vuelta… Apple supo hacer esa cosa tan bella pero… ¿para qué mierda sirve esa cosa tan bella sin internet, sin GPS, sin bluetooth, sin navegadores? Es más ¿son de Apple las aplicaciones por las que cobra diezmo? ¿Para qué sirve el iPhone sin aplicaciones?¿Por que digo diezmo?. Porque eso es lo que es Apple, una compañia bien posicionada que puede permitirse, limitando la competencia mediante patentes y otras rentas artificiales (de posición), de la misma manera que en su momento hacía el señor feudal, cobrar lo que quiera por algo que no han innovado ellos en la inmensa mayoría de su producto. Hay quien equipara a Jobs con Leonardo da Vinci, con una minúscula diferencia: Da Vinci no patentó nada. Y no por ello dejó de innovar y no por ello deja de ser reconocido como el gran inventor que fue.

Pero el meollo de la cuestión es, si las empresas privadas, aunque innovan, lo hacen sobre una cantidad ingente de conocimiento previo acumulado, ¿quien genera ese conocimiento masivo necesario para conseguir avanzar? En su mayor parte el Estado. No entendamos Estado como el aparato burocrático que organiza la vida de los ciudadanos. No, el Estado como empresa común de los ciudadanos. Como el obligatorio fondo de inversión al que todos contribuimos con nuestros impuestos. El Estado es el que asume el nada rentable negocio de la ciencia básica, de la exploración espacial, de la exploración de los océanos, de poner satélites en órbita… el Estado asume la mayor parte de la investigación epidemiológica, de la salud pública, de la investigación clínica no farmacológica…el Estado asume la inversión en renovables, en investigación climática y meteorología… por no hablar de lo básico, las infraestructuras, la educación (que es el capital humano de las empresas), la seguridad… Es decir, el Estado asume la investigación a largo plazo, la innovación más disruptiva, la más costosa y la que más riesgo tiene. Pero, una vez hecha toda esa inversión, los retornos que generaría la investigación más sencilla, más aplicada, más directa, la que se construye sobre todo el conocimiento previo acumulado, la que culmina la investigación básica, va a parar a manos privadas que, en muchas ocasiones, ni siquiera pagan impuestos a los Estados que les han proporcionado todo eso. Llevamos tiempo diciéndolo, pero para los que dicen que las TED Talks no valen para nada, aquí lo explican mucho mejor:

¿Quiero decir con esto que es el Estado el que tiene que investigar lo básico y lo aplicado y el encargado de desarrollar productos, llevarlos al mercado y darlos a conocer? Nada más lejos. Lo que quiero decir, algo que, por cierto, Mariana Mazzucato no dice en su video (aunque lo piense, está en TED Global, no puede cometer un sincericidio), es que son las empresas las que tienen que hacer muchas de esas cosas, pero no, de ninguna manera, a costa de cobrarnos sumas desorbitadas por nuestras medicinas y por nuestros avances tecnológicos. No a costa de quedarse con nuestra inversión en la empresa común de capital riesgo llamada Estado. Que hagan todo eso, pero que salgan a competir, a batirse el cobre en un mundo en el que la única renta de posición venga determinada por la propia innovación. En un mundo dónde la única ventaja competitiva no venga de leyes que protegen feudos (o, mejor dicho, a piratas) sino de la ventaja de ser el primero en hacer algo bien. En un mundo en el que no existan las patentes. Ninguna. La abolición de las patentes no nos sumirá en una época oscura sin ideas. El hacha magdaleniense, la rueda, el molino, Leonardo da Vinci, Internet y el Estado demuestran que, repitan conmigo, LA INNOVACIÓN SE PRODUCE SIN NECESIDAD DE PATENTES (Y LAS PATENTES NO PREMIAN LA INNOVACIÓN).

Sólo metiéndonos esto bien adentro en la cabeza, divulgándolo y exigiéndolo a todos los legisladores globales podremos, finalmente, acceder a tratamientos que curan la hepatitis C o mejoran dramáticamente el pronóstico de la Enfermedad de Pompe o la Esclerosis Múltiple.

Democracia, transparencia y ciencia abierta (punto de partida)

Ya lo decía Churchill, que “la democracia es el menos malo de los sistemas políticos”. Sus palabras exactas fueron otras, pero el fondo es el mismo.

Otra de las cosas que se dicen —aunque desconozco si éstas tienen autor acuñado— son que sin ciencia no hay futuro, que la ciencia nos hace más libres y, sobre todo, que la ciencia es necesaria para la democracia. Aunque todas ellas sean en gran parte ciertas, corren el riesgo de quedarse en lemas vacíos, hoquedades repetidas con entusiasmo creciente. Esta es una pequeña historia de cómo la ciencia y el pensamiento desde ella pueden ser un arma o escudo de doble filo, de cómo su correcto uso puede ayudar a revisar y mejorar aquello que ya tenemos.

El sistema de publicación en la ciencia es el de revisión por pares, o peer review. Consiste en que un grupo de investigación envía un artículo a una revista y ésta selecciona dos o tres expertos en ese campo para que valoren la información recibida, consideren si el trabajo es relevante, si está bien hecho y es fiable, propongan mejoras: para que acepten o rechacen su publicación. Como la democracia, el sistema no es perfecto, tiene un sinfín de debilidades, pero es el menos malo de los que se conocen.

Una de esas teóricas debilidades viene de la que podría ser una de sus fortalezas. La mayor parte de las revistas se mantienen gracias a suscripciones, por lo que sólo pueden leer su contenido aquellos que pagan las cuotas. Pero en los últimos años ha crecido con fuerza el movimiento llamado open access, o de acceso abierto. En este modelo son los investigadores quienes pagan por publicar un artículo, y a cambio éste puede leerse de forma gratuita y universal. Lo que a todas luces parece una ventaja —la universalidad de la información, la horizontalidad del contenido— tiene también sus sombras: las revistas pueden estar ávidas de publicar sólo por el hecho de cobrar, independientemente de la calidad de lo publicado. Y aquí comienza la historia.

John Bohannon quiso comprobar la calidad de las revistas de acceso abierto. Para ello se inventó —literalmente— un artículo científico. Le dio muchas vueltas para que tuviera consistencia, cierta relevancia. Pero introdujo errores imperdonables dentro del mundo científico, errores que deberían hacer a las revistas declinar su publicación. Básicamente “noveló” cómo una sustancia extraída de un liquen tenía propiedades anticancerígenas. Pero se inventó los nombres de los autores, puso errores en las comparaciones, no incluyó protocolos éticos y, en fin, repartió numerosas incoherencias a lo largo de todo el texto. Lo envió a 304 publicaciones de acceso abierto. Le contestaron 255. Nadie debería haberlo publicado, pero ¡lo aceptaron 157! Con esos datos preparó la información, incluyendo mapas con la ubicación de las revistas y sus cuentas bancarias, así como los correos intercambiados. Y todo esto ha sido publicado en Science, una de las “revistas de las revistas”. El fin de la ciencia abierta, la universalidad, la horizontalización.

¿O quizás no?

El artículo en Science carece de algunos de los requisitos que las otras revistas deberían haber pedido a Bohannon. La información es útil, no cabe duda, y en cierto modo escandalosa. El sistema dista de la perfección, pero si aplicamos un pensamiento más o menos científico: 1) Gran parte de esas revistas son irrelevantes en la escena científica. Algunas que no lo son, como Plos One, rechazaron tajantemente el artículo. 2) Al parecer la selección se hizo entre un grupo en el que había más posibilidades de encontrar irregularidades, y sobre todo 3) ¡No había grupo control! Es decir, no sabemos si también habría habido fraude en las revistas de pago ni si éste habría sido menor. (Y curiosamente se publicó en una revista de este tipo, claramente opuesta al sistema abierto).

Volviendo a la democracia. Una de las propuestas para mejorarla es aumentar la transparencia. Como con la ciencia, buscar una democracia más abierta. Los que se oponen esgrimen peligros potenciales. Bohannon seguro que destaparía algunos. Pero, simplificando, un pensamiento más o menos científico nos llevaría a pensar que lo de Bohannon equivale a que el presidente del gobierno denuncie irregularidades en las cuentas de los demás partidos sin exponer las suyas. Y a desterrar de un plumazo a la oposición.

Es decir. El menos malo, pero mejorable y revisable. No perdamos de vista a la ciencia para revisarlo.

*

Artículo publicado en la web de Dixit Ciencia, en 20000caligrafias y en el diario digital 50×7.com

La (¿deseable?) ciencia hacker

Si ya desde un inicio escribo: “ética hacker”, y si escribir poesía es poner juntas dos palabras que antes no se conocían, entonces es posible que, sin proponérselo, esta columna comience en forma de poema.

(Sólo que este poema ya es antiguo, lo inició el periodista Steven Levy y tiene ya casi 20 años.)

Computer hackerPorque pensar en un hacker es, a bote pronto, pensar en un criminal informático, un saltador de leyes, un virus de sistemas. Pero esa es una acepción parcial. En realidad las connotaciones de lo hacker son ambiguas, y su valor depende de la acepción que se escoja. Porque un hacker es también un apasionado de su oficio, del conocimiento y de la libertad, esas grandes palabras. Por eso, cuando se habla de ética hacker se habla de una actitud ante la vida y ante el trabajo que reúne tres características fundamentales:

– Que no hay separación clara entre ocio y trabajo. Que el dinero obtenido es fruto, pero no objetivo último.

– Que dicha actividad se ejerce en una comunidad. Que el reconocimiento se basa en el valor que aporta a dicha comunidad.

– Que precisa de libertad, de un camino libre de trabas.

Y no, es obvio que no todos los ámbitos son del todo susceptibles a esta forma de vida. Una utopía debe alejarse de la realidad, pero no olvidarla. Por eso es necesario buscarle un nicho, un lugar de experimentación. Y no sólo por obvio un buen nicho es la ciencia, ése en el que los experimentos tienen lugar. De ahí la llamada ciencia hacker. Porque si hacemos el paralelismo con los puntos anteriores:

– El científico es, ante todo, vocacional. Se mueve principalmente por la curiosidad. Quizás en última instancia por la reputación, pero raramente por el dinero.

– Su reconocimiento depende de los otros científicos, del valor aportado por sus publicaciones en esa misma, y experta, comunidad.

– Toda iniciativa científica se apoya en una ciencia anterior, y ese conocimiento debe estar disponible.

Y éste último es uno de los diversos pilares de la ciencia hacker. Porque el conocimiento y las publicaciones existen, pero muchas veces hay que pagar por ellas. Por eso hay quien aboga por una ciencia de acceso abierto que pueda fluir libre. Por eso ya han surgido numerosas revistas bajo esta política y por eso el gobierno americano ha obligado a que todas las investigaciones financiadas con dinero público sean publicadas en abierto. Porque, entre otras cosas, no tiene sentido que el Estado haya de pagar dos veces: para generar conocimiento y para poder acceder a él.

¿No?

*

A hombros de gigantes para sentarse en los hombros de los enanos…

Seguramente la mayor parte de vosotros ya conoce a Jack Andraka, el chico de 16 años que ha desarrollado un test diagnóstico para el cáncer de páncreas gracias a sus ganas y a la posibilidad de acceder de forma relativamente sencilla a multitud de artículos publicados de forma abierta. Hoy, en la Right to Research Coalition, se congratulan de una entrevista concebida por el chico y Francis Collins, director del NIH (más abajo), en la que ambos abogan por el acceso abierto en la ciencia y se felicitan de que Obama obligue a que la ciencia financiada por el NIH y otros organismos públicos americanos, sea de acceso abierto. No podemos más que felicitarnos por dicho posicionamiento y ojalá las autoridades y, mucho más importante, las cabezas científicas visibles de nuestro país, pensaran igual y tuvieran el mismo compromiso con la idea.

[youtube=http://www.youtube.com/watch?v=G55hlnSD1Ys&feature=youtu.be]

No seré yo el que niegue el mérito al que, por lo demás, es un hacker en toda regla. Sin embargo, hay una contradicción fundamental en Jack Andraka de la que probablemente ni se haya dado cuenta al transmitir su sincero mensaje abogando por la ciencia de acceso abierto: ha patentado su hallazgo y busca alianzas con inversores (capturadores de rentas) para desarrollar su invento. Lo que a Jack le parece que beneficia a todo el mundo cuando es abierto, no lo lleva a la práctica cuando es él quien, añadiendo una cantidad de conocimiento marginal a una cantidad de conocimiento ingente previo, se coloca en la posición de poder beneficiarse. Sin que parezca importar que, al patentarlo en lugar de publicarlo de forma abierta, se restinja el acceso a su importante contribución. Jack se aprovecha del «comunismo de los científicos«, aboga por él, lo defiende, lo abandera y lo agradece ante Francis Collins…para luego servirse de él y entorpecer el progreso. Y la R2R, imprescindible en todo esto, no se da cuenta de la brutal contradicción.

Modificando la célebre frase de Isaac Newton, Jack se subió a hombros de gigantes para luego, quizá sin darse cuenta, sentarse encima de los enanos que vengan detrás.

ENCODE, o la transparencia del código.

Hace unos días se publicaron, simultáneamente y en varias revistas, multitud de datos sobre el proyecto internacional de secuenciación del ADN ENCODE. Los trabajos los fimaban más de 400 científicos que han trabajado -en mayor o menor medida- de forma conjunta. Entre las conclusiones que han obtenido es que gran parte de lo que se consideraba ADN basura no es tal. Y que variaciones en muchas de estas regiones antes denostadas parecen relacionarse con la aparición de multitud de enfermedades. Los datos, sus interpretaciones y la concepción de estos estudios tienen diversas aristas, que pretendemos tratar próximamente. Ahora, por lo pronto, nos interesa rescatar la parte final de un texto de Ed Yong, que ha trabajado este tema con gran dedicación y que habla sobre la comunicación y el uso futuro de todos estos datos:

(versión traducida)

¿Cómo van a buscarle sentido los científicos a todo esto?

ENCODE es enorme. Los resultados de esta fase se han publicado en 30 artículos principales en Nature, Genome Biology y Genome Research junto con una serie de artículos secundarios en Science, Cell y otras revistas. Y todo está disponible de forma gratuita.

Las páginas de las revistas en papel son un pobre repositorio para tal cantidad de datos, así que el equipo ENCODE ha diseñado un nuevo modelo de publicación. En el portal de ENCODE los lectores pueden seleccionar entre 13 temas de interés, y seguir sus «hilos» a lo largo de los diferentes artículos. Di por ejemplo que quieres saber sobre las secuencias «potenciadoras». El hilo te llevará a los párrafos más relevantes de entre los 30 artículos de las tres revistas. «Para evitar que la gente tenga que filtrar previamente los 30 artículos y seleccionar los que realmente quiere leer,  nosotros le facilitamos ese hilo«, dice Birney.

Y sí, hay una app para eso.

La transparencia también es un asunto importante. «Con estos proyectos científicos tan exhaustivos, tiene que haber una gran confianza en que el análisis de los datos se ha hecho correctamente», dice Birney. Pero no tienes simplemente que confiar. Al menos la mitad de las figuras de ENCODE son interactivas, y los datos que están detrás de ellas pueden ser descargados. El equipo ha diseñado también una «máquina virtual» – un archivo descargable con casi todos los datos y los códigos que se han usado en los análisis. Piensa en ello como en la sección de Métodos más completa jamás hecha. Con la máquina virtual «puedes reproducir paso por paso lo que hicimos para llegar a la figura», dice Birney. «Creo que eso debería ser el estándar para el futuro».

(versión original)

How will scientists actually make sense of all of this?

ENCODE is vast. The results of this second phase have been published in 30 central papers in Nature, Genome Biology and Genome Research, along with a slew of secondary articles in Science, Cell and others. And all of it is freely available to the public.

The pages of printed journals are a poor repository for such a vast trove of data, so the ENCODE team have devised a new publishing model. In the ENCODE portal site, readers can pick one of 13 topics of interest, and follow them in special “threads” that link all the papers. Say you want to know about enhancer sequences. The enhancer thread pulls out all the relevant paragraphs from the 30 papers across the three journals. “Rather than people having to skim read all 30 papers, and working out which ones they want to read, we pull out that thread for you,” says Birney.

And yes, there’s an app for that.

Transparency is a big issue too. “With these really intensive science projects, there has to be a huge amount of trust that data analysts have done things correctly,” says Birney. But you don’t have to trust. At least half the ENCODE figures are interactive, and the data behind them can be downloaded. The team have also built a “Virtual Machine” – a downloadable package of the almost-raw data and all the code in the ENCODE analyses. Think of it as the most complete Methods section ever. With the virtual machine, “you can absolutely replay step by step what we did to get to the figure,” says Birney. “I think it should be the standard for the future.”

¿Acceso abierto en la UE?

La ciencia hacker acaba de saber, gracias a un post de Synaptica, que, por lo que parece, la Union Europea va a seguir los pasos de el NIH, de las universidades americanas y de el NHS de el Reino Unido para hacer que la investigación financiada con fondos públicos pase a ser de acceso libre. Al menos así reza este comunicado de prensa… Además justo hoy se publica un artículo interesante al respecto en The Economist. Osea, parece que algo se mueve.

Ya veremos a ver cuánto tardan en llegar los lobbies del copyright a Bruselas, dónde encuentran siempre recogimiento y comprensión, pero si se lleva a cabo una decidida politica de Open Access para toda la UE volveré a creer en la política que no esté al servicio más que de sus ciudadanos.