{"id":84,"date":"2012-09-10T19:05:40","date_gmt":"2012-09-10T18:05:40","guid":{"rendered":"http:\/\/lacienciahacker.wordpress.com\/?p=84"},"modified":"2012-09-10T19:05:40","modified_gmt":"2012-09-10T18:05:40","slug":"encode-o-la-transparencia-del-codigo","status":"publish","type":"post","link":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/2012\/09\/10\/encode-o-la-transparencia-del-codigo\/","title":{"rendered":"ENCODE, o la transparencia del c\u00f3digo."},"content":{"rendered":"

\"\"<\/a><\/p>\n

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Hace unos d\u00edas se publicaron, simult\u00e1neamente y en varias revistas, multitud de datos sobre el proyecto internacional de secuenciaci\u00f3n del ADN ENCODE.<\/strong><\/a> Los trabajos los fimaban m\u00e1s de 400 cient\u00edficos que han trabajado -en mayor o menor medida- de forma conjunta. Entre las conclusiones que han obtenido es que gran parte de lo que se consideraba ADN basura no es tal. Y que variaciones en muchas de estas regiones antes denostadas parecen relacionarse con la aparici\u00f3n de multitud de enfermedades. Los datos, sus interpretaciones y la concepci\u00f3n de estos estudios tienen diversas aristas, que pretendemos tratar pr\u00f3ximamente. Ahora, por lo pronto, nos interesa rescatar la parte final de un texto de Ed Yong, <\/a>que ha trabajado este tema con gran dedicaci\u00f3n y que habla sobre la comunicaci\u00f3n y el uso futuro de todos estos datos:<\/p>\n

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(versi\u00f3n traducida)<\/p>\n

\u00bfC\u00f3mo van a buscarle sentido los cient\u00edficos a todo esto?<\/strong><\/span><\/p>\n

ENCODE es enorme. Los resultados de esta fase se han publicado en 30 art\u00edculos principales en Nature, Genome Biology<\/em> y Genome Research <\/em>junto con una serie de art\u00edculos secundarios en Science, Cell<\/em> y otras revistas. Y todo est\u00e1 disponible de forma gratuita.<\/p>\n

Las p\u00e1ginas de las revistas en papel son un pobre repositorio para tal cantidad de datos<\/strong>, as\u00ed que el equipo ENCODE ha dise\u00f1ado un nuevo modelo de publicaci\u00f3n. En el portal de ENCODE <\/a>los lectores pueden seleccionar entre 13 temas de inter\u00e9s, y seguir sus \u00abhilos\u00bb a lo largo de los diferentes art\u00edculos. Di por ejemplo que quieres saber sobre las secuencias \u00abpotenciadoras\u00bb. El hilo te llevar\u00e1 a los p\u00e1rrafos m\u00e1s relevantes de entre los 30 art\u00edculos de las tres revistas. \u00abPara evitar que la gente tenga que filtrar previamente los 30 art\u00edculos y seleccionar los que realmente quiere leer,\u00a0 nosotros le facilitamos ese\u00a0hilo<\/em>\u00ab, dice Birney.\"\"<\/a><\/p>\n

Y s\u00ed, hay una app para eso.<\/p>\n

La transparencia tambi\u00e9n es un asunto importante. \u00abCon estos proyectos cient\u00edficos tan exhaustivos, tiene que haber una gran confianza en que el an\u00e1lisis de los datos se ha hecho correctamente\u00bb, dice Birney. Pero no tienes simplemente que confiar<\/em>. Al menos la mitad de las figuras de ENCODE son interactivas, y los datos que est\u00e1n detr\u00e1s de ellas pueden ser descargados. El equipo ha dise\u00f1ado tambi\u00e9n una \u00abm\u00e1quina virtual\u00bb – un archivo descargable con casi todos los datos y los c\u00f3digos que se han usado en los an\u00e1lisis. Piensa en ello como en la secci\u00f3n de M\u00e9todos m\u00e1s completa jam\u00e1s hecha<\/strong>. Con la m\u00e1quina virtual \u00abpuedes reproducir paso por paso lo que hicimos para llegar a la figura\u00bb, dice Birney. \u00abCreo que eso deber\u00eda ser el est\u00e1ndar para el futuro\u00bb.<\/strong><\/p>\n

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(versi\u00f3n original)<\/p>\n

How will scientists actually make sense of all of this?<\/span> <\/strong><\/em><\/p>\n

ENCODE is vast. The results of this second phase have been published in 30 central papers in Nature, Genome Biology and Genome Research, along with a slew of secondary articles in Science, Cell and others. And all of it is freely available to the public.<\/em><\/p>\n

The pages of printed journals are a poor repository for such a vast trove of data, so the ENCODE team have devised a new publishing model. In the ENCODE portal site<\/a>, readers can pick one of 13 topics of interest, and follow them in special \u201cthreads\u201d that link all the papers. Say you want to know about enhancer sequences. The enhancer thread pulls out all the relevant paragraphs from the 30 papers across the three journals. \u201cRather than people having to skim read all 30 papers, and working out which ones they want to read, we pull out that thread for you,\u201d says Birney.<\/em><\/p>\n

And yes, there\u2019s an app for that.<\/em><\/p>\n

Transparency is a big issue too. \u201cWith these really intensive science projects, there has to be a huge amount of trust that data analysts have done things correctly,\u201d says Birney. But you don\u2019t have to trust. At least half the ENCODE figures are interactive, and the data behind them can be downloaded. The team have also built a \u201cVirtual Machine\u201d \u2013 a downloadable package of the almost-raw data and all the code in the ENCODE analyses. Think of it as the most complete Methods section ever. With the virtual machine, \u201cyou can absolutely replay step by step what we did to get to the figure,\u201d says Birney. \u201cI think it should be the standard for the future.\u201d<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Hace unos d\u00edas se publicaron, simult\u00e1neamente y en varias revistas, multitud de datos sobre el proyecto internacional de secuenciaci\u00f3n del ADN ENCODE. Los trabajos los fimaban m\u00e1s de 400 cient\u00edficos que han trabajado -en mayor o menor medida- de forma… Sigue leyendo →<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_bbp_topic_count":0,"_bbp_reply_count":0,"_bbp_total_topic_count":0,"_bbp_total_reply_count":0,"_bbp_voice_count":0,"_bbp_anonymous_reply_count":0,"_bbp_topic_count_hidden":0,"_bbp_reply_count_hidden":0,"_bbp_forum_subforum_count":0,"footnotes":""},"categories":[4,9,11],"tags":[29,32,44,51,53,74],"class_list":["post-84","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-colaboracion","category-open-science","category-publicaciones","tag-ed-yong","tag-encode","tag-junk","tag-open-acces","tag-open-data","tag-transparency"],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/84","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=84"}],"version-history":[{"count":0,"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/84\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=84"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=84"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"http:\/\/s811335031.mialojamiento.es\/cienciahacker\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=84"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}